Според данни от последните археологически проучвания най-ранните следи от живот са от късната новокаменна епоха, края на VI - началото на V хил.пр.Хр. Тогава хората не са могли да обработват скалите с примитивните си оръдия на труда. По тази причина фрагментите от неолитна керамика се откриват върху повърхността на канарите, отложени в естествени пукнатини. В случая с Перперикон не става дума за селище, а за обожествена скала. Името, според проф. Александър Фол, е от бога на камъка Пер. Следващият установен исторически период е каменно-медната епоха, енеолита, и по-точно нейният финал в края на V - началото на IV хил.пр.Хр. От това време вече със сигурност може да се определят грубо изсечени в скалите ями с натрошена култова керамика. Развитието на скалния комплекс продължава и през бронзовата епоха. Вече определено може да се твърди, че в нейната късна фаза,XVIII-XII в.пр.Хр., Перперикон преживява първия си голям разцвет. Това е епохата на крито-микенската цивилизация, на Троя и Микена. През XIII-XIV в. от н.е. крепостта е областен център и епископско средище във Византия. След 1346 г. крепостите в Източните Родопи са унищожени и повече не се възстановяват.

Перперикон се състои основно от четири части – Акропол в най-високата част на хълма, Дворец-светилище, който е непосредствено под Акропола от югоизток, северно и южно предградия.